Kaede narra a vida de sua onee-sama no passado, nos anos precedentes a sua morte. No passado, a jovem Kaede corria para a onee-sama, quando a ouve pedir que se esconda. Ao lado de sua irmã, Kaede percebe a miko Tsubaki, a quem já vira antes com o mestre que treinou as duas. Kikyou e Tsubaki esperam por um ataque em massa de youkai. O céu logo se torna um escuro jaki, de onde uma infinidade de youkai surgem e vão sendo destruídos pelo poder espiritual das Hama no Ya de Kikyou e da alabarda de Tsubaki. Todos são destruídos, menos um em meio aos mortos: uma pequena aranha vermelha com quatro chifres e três olhos na cara sobrevive…

Na floresta, um oni ciclope persegue o hanyou canino, Inu Yasha, até ser destruído por seu Sankon Tessou. Nisso, no vilarejo dos taiji-ya, os homens cortam os youkai mortos para aproveitar seus ossos. O líder deles, o jovem Shako, com Kirara em seu ombro, é chamado para investigar a caverna de Midoriko, que está estranhamente brilhando. Shako então observa a youkai mukade (mulher centopéia) morta a sua frente e com o Hiraikotsu, extrai dela uma esfera corrompida, que ele explica ser a alma de Midoriko. Shako diz que aquela esfera é a Shikon no Tama, quando Kirara pressente perigo. A aparentemente morta mukade volta a vida numa explosão e ataca Shako. Ela o envolve e finca suas presas em seu ombro, mas Kirara o salva e ele corta a mukade com o Hiraikotsu. Shako, entretanto, foi ferido mortalmente, carregando a Shikon no Tama. A mukade foge dali, apenas sua parte de cima intacta. Shako morre pedindo para que levassem a jóia para ser purificada por uma miko.

Kikyou, Kaede e Tsubaki caminham conversando, quando Kikyou percebe a maldade no olhar de Tsubaki, provocando Kikyou sobre suas obrigações como miko. Kikyou parte com Kaede, contando para sua irmã a verdade sobre Tsubaki. Nisso, o hanyou Inu Yasha é atacado pelos dois irmãos do oni ciclope e é ferido no braço. Depois de alguma luta, o hanyou acaba com os dois com um duplo Sankon Tessou. Inu Yasha busca por algo que lhe dê mais força. À noite, Kikyou volta ao seu vilarejo para descobrir que um grupo de taiji-ya espera por ela. Eles brevemente entregam à Kikyou a Shikon no Tama corrompida, numa noite chuvosa. Kaede então, com flashbacks, conta a sentença que tal jóia impôs à Kikyou, sempre atacada por inúmeros youkai para proteger a Shikon no Tama.

Outro dia, Inu Yasha é detido procurando por um esconderijo na tarde da lua nova, quando uma luz explode na floresta. Um youkai cai destruído. Ao seu lado, Kikyou está ferida, suja, cansada e com seu arco quebrado. Inu Yasha a observa, enquanto a noite da lua nova chega e ele vira humano. Kikyou percebe o ser a observando, quando começa a chover. Kikyou pergunta se ele também busca pela Shikon no Tama. Inu Yasha revela desconhecer tal artefato. Kikyou parte, mas, sem forças, acaba caindo no chão desacordada. Inu Yasha tenta resgatá-la, quando ouve aldeãos procurando por ela. Ele foge. Kaede encontra Kikyou caída, mas ela logo acorda. Kikyou sorri, percebendo que o hanyou partiu. Nisso, a mukade sai voando em busca da Shikon no Tama. No outro dia, Inu Yasha aparece como hanyou, buscando pela Shikon no Tama. Kikyou reconhece o hanyou e antes dele ataca-la, ela o prende na Goshinboku com algumas flechas.

Inu Yasha fica rosnando enquanto Kikyou parece ignorar suas provocações. Outro dia. Kikyou acaba de exterminar outro youkai e está com Kaede, quando Inu Yasha reaparece. O hanyou pede que a criança se afaste, antes de fazer qualquer coisa. Os dois se observam por algum tempo, antes de Kikyou preparar suas flechas. Kikyou tenta conversar e consegue tirar do hanyou o nome Inu Yasha. Ao menor sinal de ataque de Inu Yasha, Kikyou o prende com 5 flechas numa árvore. Kikyou parte e Kaede observa àquilo com surpresa, por sua irmã não ter matado o youkai. Outro dia, a mukade ataca Kaede, que estava sozinha. Kaede corre, mas Inu Yasha chega e acaba de vez com a youkai, salvando a jovem irmã de Kikyou. Mais tarde, Kikyou leva os ossos da mukade ao Honekui no Ido.

Depois de várias vezes ser observada pelo hanyou, Kikyou o convida a se sentar com ela, na colina, de frente ao arrozal. Kikyou e Inu Yasha então conversam, com Kikyou sempre falando. Inu Yasha pede a ela que se cale. Kikyou pergunta se ele prefere ela calada. Inu Yasha fica meio sem jeito e eles se separam. Inu Yasha então, corando, pergunta se ela pode encontra-lo no dia seguinte. Kikyou diz que dará a ele um presente. Inu Yasha pergunta se é a Shikon no Tama, Kikyou nega. À noite, Kikyou prepara o “kotodama no nenju”, para Inu Yasha. No dia seguinte, Inu Yasha chega com uma conchinha e um líquido vermelho dentro dela, predecessor do atual batom, de presente para ela. Kikyou, ante a isso, desiste de colocar em Inu Yasha o nenju da kotodama. A pequena aranha vermelha de antes apenas observa e sorri do romance entre Kikyou e Inu Yasha…

De madrugada, Kikyou se permite ser humana por um momento e passa em seus lábios o “batom” dado por Inu Yasha e se aprecia no espelho. Kikyou parece maravilhada com o fato de poder ser humana, ao menos por um momento. No dia seguinte, em meio às crianças, ela chama Inu Yasha, mas ele prefere ficar longe. Kaede treina com Hama no Ya, para se tornar tão forte quanto sua irmã, quando Kikyou chega com algumas ervas, só de passagem, indo ao vilarejo. Kaede vira, na noite anterior, sua irmã usar o batom e ficara intrigada. Desde então Kaede soube do fardo de Kikyou em vida. Inu Yasha está sempre por perto, em alguma árvore, observando Kikyou. Outro dia. Na caverna de Onigumo, Kikyou chega para alimentar o bandido inválido. Mais tarde, ela e Kaede caminham pelos campos de trigo, conversando sobre os sentimentos que ela não podia ter por ser uma miko. Alguns meses depois, no inverno, Kikyou e Inu Yasha exterminam um cão das neves. Outro dia. Na caverna, Kaede ouve as provocações de Onigumo, nervosa com o bandido, depois conversa com sua irmã sobre os planos sujos do bandido. Kikyou pede a Kaede que perdoe o homem, pois nunca mais iria se mover novamente. A aranha vermelha já está na caverna, ouvindo as vontades de Onigumo.

Em meio à sakuras (flores de cerejeira), Tsubaki chega para Kikyou, com seu youkai e seus Shikigami, em busca da Shikon no Tama. Kikyou despreza Tsubaki e nem se vira para ouvi-la, partindo logo em seguida. Tsubaki manda seu youkai, o qual é repelido com o arco de Kikyou e atinge o olho direito dela, deixando uma horrível cicatriz. Kikyou diz para ela ficar feliz por continuar viva. A aranha vermelha está observando isso também. Na caverna, a aranha vermelha aparece acima de Onigumo, prometendo a ele Kikyou e a Shikon no Tama, em troca de seu corpo. Atrás da pequena aranha vermelha, vários youkai surgem para devorar Onigumo. Onigumo pede aos youkai que o comam e dêem a ele um novo corpo, para possuir a Kikyou. O corpo pega fogo, num intenso jaki. Mais tarde, Kaede já está muito melhor ao disparar flechas e Kikyou lhe ensina a como manipular o poder, para fazer de uma flecha uma Hama no Ya ou um lacre. A árvore em que elas treinam é a Goshinboku, O treino é interrompido por um ataque de vários youkai, indo em direção ao vilarejo. O responsável é o youkai por trás da pele de babuíno, em busca da Shikon no Tama…

Kikyou corre com Kaede para o vilarejo. Lá, Inu Yasha está destruindo os youkai com suas garras. As Hama no Ya de Kikyou são insuficientes e até Kaede ajuda. Um youkai, entretanto, ameaça Kikyou e Kaede tenta atingi-lo, mas erra. O youkai se dirige para Kaede e Kikyou lança no youkai uma Hama no Ya. A explosão acaba por atingir também Kaede, que nesse momento perde a visão no olho direito. Kikyou não pode se demorar com Kaede e logo dispara várias e várias Hama no Ya, acabando com o jaki e os youkai. Na mesma tarde, depois do ataque, ela e Inu Yasha conversam na colina. Kikyou parece triste com os ataques. Inu Yasha pergunta se Kaede está bem. Kikyou acaba por propor a Inu Yasha que use a Shikon no Tama para se tornar humano. Kikyou diz que assim eles poderiam viver juntos, a Shikon no Tama desapareceria e ela poderia viver como humana normal. A cena muda para Kikyou, tropeçando ao sair do barco, amparada por Inu Yasha. Eles se abraçam e Inu Yasha diz que aceita se tornar humano para viver com ela. Kikyou então beija Inu Yasha, que aceita o beijo e retribui, em meio ao pôr-do-sol. À noite, eles combinam de se encontrar no dia seguinte, à frente da Goshinboku.

Da pele de babuíno, que os rondava, sai Inu Yasha, ou melhor, o youkai maligno na forma de Inu Yasha. Kikyou está no templo da Shikon no Tama, quando “Inu Yasha” vem confirmar o local do encontro, estranhamente. Kikyou não dá muita importância e logo o dia clareia. Kikyou corre levando a Shikon no Tama, mas não encontra Inu Yasha em frente à Goshinboku. Ela então se distancia um pouco e decide usar o “batom” dado por Inu Yasha, quando, no mato, atrás de Kikyou, “Inu Yasha” corre e a ataca com o Sankon Tessou. Kikyou cai por terra, mortalmente ferida. “Inu Yasha” destrói a conchinha e Kikyou parece decepcionada. Ele então pisa em sua mão e toma dela a Shikon no Tama, que fica logo negra. “Inu Yasha” vai embora, para ódio de Kikyou, ferida no fundo de sua alma. O youkai então, na pele de babuíno, põe a Shikon no Tama de volta no templo e se disfarça de Kikyou, para atacar Inu Yasha, em frente à Goshinboku. “Kikyou” diz que enganou Inu Yasha e lança nele uma flecha. “Kikyou” diz que um mero hanyou não é digno da Shikon no Tama e ataca novamente. Inu Yasha escapa e corre para o vilarejo, em busca da Shikon no Tama, enquanto “Kikyou” sorri.

Os aldeãos então percebem a mudança de atitude de Inu Yasha e atacam com lanças e correntes, cercas e fogo. Kikyou re arrasta pela floresta, tentando chegar ao vilarejo. Ele consegue a Shikon no Tama e foge para a floresta. No portão do tempo, Kikyou olha para Inu Yasha, que devolve o olhar a Kikyou. Ela então dispara sua última Hama no Ya, no coração dele. A Shikon no Tama cai no chão. Inu Yasha pergunta a ela como ela pode traí-lo. Inu Yasha observa a trilha de sangue atrás de Kikyou, antes de perder todo seu poder. Kikyou é cercada pelos aldeãos e por Kaede. Ela pega a Shikon no Tama, pedindo a sua irmã que a queime com seu corpo. Kikyou morre e é cremada com a jóia. Quinhentos anos depois, na maternidade, Kagome nasce. Um bebê chorão, com uma jóia em seu peito. Quinze anos mais tarde, a jovem Kagome parte em direção ao Honekui no Ido…

Sem mais encerramento “Come”. O encerramento é com a música “Change the World” de fundo. Cenas de Kagome passando pelo poço, libertando Inu Yasha; conhecendo Shippou; destruindo Hiten e Manten; a ressurreição de Kikyou; conhecendo Miroku, o monge pervertido; Sango, a exterminadora e a marionete de Naraku; o Shikigami de Tsubaki e o poder de Kagome. Depois do encerramento, o Honekui no Ido e a Goshinboku, vazios…

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