A Primeira Morte ocorre pela culpa de Naraku em uma cilada por ele criada. Naraku disfarça-se de Inuyasha e ataca de forma surpreendente Kikyou, ela pensando ser a pessoa que ama não tem coragem de atacar. Então, quando Inuyasha chega ao encontro que haviam marcado Kikyou o ataca, ele, revoltado resolve tomar a Shikon no Tama (Jóia de Quatro Almas) à força e invade a vila. Quando Kikouy, gravemente ferida, chega ao vilarejo, reúne suas últimas formas e atira uma flecha no coração de Inuyahsa, lacrando-o na Árvore Sagrada, no qual ele permanecerá, acredita, ela, para sempre. Antes de morrer nos braços de sua irmã, pede que seu corpo seja queimado junto com a Jóia de Quatro Almas, e assim é feito. Após 50 anos da sua morte, Kikyou é novamente ressuscitada pela bruxa Urasue, em um casco feito de barro e osso, usando a alma que está em Kagome para tanto. Processo pelo qual Inuyasha ajuda, mesmo sem saber, quando chama pelo nome de “Kikyou”. A Miko ao levantar do Mundo dos Mortos parece enfurecida por Inuyasha por tê-la traído e ele, confuso, diz que não fez nada contra Kikyou e que foi ela quem o atacou primeiro. Enquanto discutem, Kagome consegue recuperar parte de sua alma, deixando à Kikyou apenas uma pequena parte suficiente para que continue a caminhar. Kikyou cheia de raiva acaba por matar a bruxa Urasue, que diz ao morrer que a parte que ficou com Kikyou resume-se apenas ao ódio que sentia no momento de sua morte. Apesar disso tudo, Kikyou ainda ama Inuyasha, tanto que tentou levá-lo para o Inferno junto com ela, para que passassem a eternidade juntos, plano este que Kagome impede. O fato de não possuir uma alma inteira a força a ter consigo “Coletores de Almas” que reúnem almas de pessoas mortas e lhe complementam o que falta, permitindo que ela continue a existir neste mundo. A Kikyou que ressuscitou é diferente antiga, pois raramente sorri e está sempre maquinando sentimentos negativos em seus pensamentos (principalmente, o ódio e o rancor). Somente com o passar do tempo passa a lembrar parte da Miko que foi, mas isso só acontece quando está próxima do seu fim.



Sua Segunda Morte ocorre quando Naraku ressuscita a Shichinintai (Exército dos Sete) e se esconde no Monte Hakurei para fortalecer-se. Quando o Exército é derrotado, Naraku finalmente reaparece, mais poderoso do que antes e ataca Kikyou com Miasma (antes ele não era capaz de atacar Kikyou porque o Coração de Onigumo o impedia). Ferida, Kikyou desaparece no miasma, como se tivesse morrido, mas a verdade é que o ferimento causa sérias lesões à sua alma. Kikyou somente foi salva quando Kagome purificou sua alma, a poderosa Miko, porém, não lhe agradeceu, dizendo que Kagome não havia conseguido salvar seu coração apesar de ter tido boa vontade.



Por fim, veio a Terceira Morte, conseqüência do Miasma que nunca foi totalmente purificado do seu corpo e com o tempo voltou a enfraquecê-lo, matando-a lentamente. O golpe de misericórdia foi dado numa armadilha de Naraku, quando, presos numa teia Inuyasha, Kikyou e Kagome passaram a ver o passado de 50 anos atrás, com o intuído de terem suas almas corrompidas. Kikyou, por estar muito debilitada não é capaz de se livrar das garras de Naraku e diz a Kagome que só há uma maneira de libertá-la completamente, é atirando uma flecha purificada em seu coração, o problema que nem Kagome e nem Kikyou, naquele momento, possuem um arco. Kagome, então, desespera e enfrentando os obstáculos que se impôs devido as dúvidas do amor que Inuyasha sente por ela, finalmente consegue um novo arco. Enquanto isso, Naraku e Kikyou travam uma luta espiritual pela Jóia de Quatro Almas, ela querendo purificá-la, ele maculá-la. Por estar a beira da morte, Kikyou perde esta disputa, deixando dentro da Jóia apenas um ponto de Luz. Quando Kagome finalmente consegue atirar a flecha purificada, já é tarde de mais e o poder não surte efeito. Então, morrendo, Inuyasha a pega nos braços e a Miko sorri dizendo que finalmente ela se sentia uma mulher comum, comovido, Inuyasha a beija e ela morre, em paz e nos braços da pessoa que amava; seu espírito finalmente estava livre para a eternidade.